我国近年来针对水资源保护出台了许多法案如《水污染防治法》等，但《水污染防治法》只针对水污染防治规划中的部门合作进行了详细的规定，对于政府间的合作却并未进行规定，这是如今跨区域水污染成为环境治理过程中的一个难点的原因。政府间的磋商和合作受限于不同区域间的竞争和责任，所以依靠当地政府之间进行自愿的合作往往无法满足跨区域水污染治理的需要，这就需要对相关法律进行完善，对政府间的合作及机制和责任作出明确的要求，使得形成长久的水污染治理稳定合作机制。同时，针对当前政府面对跨区域污染治理存在一定的消极心理的状况，可以通过完善建立激励政府合作制度或政策来进行调整。如：定期对政府的污染治理成效进行考核调查，保障政府对污染治理的投入。
