相应的跨区域水污染治理需要跨界水资源的矛盾区域各方共同参与进行，所以各方统一进行治理机制的建立、制定和完善机制十分重要，可以由跨区域水污染矛盾各方成立相关的组织来进行具体治理工作的展开。同时具体的形式要根据具体的矛盾而定，在成立原则上遵循自愿或根据具体情况由有关部门监督成立。同时，更要保障沟通措施地常态化，增加组织的行事效率和成员之间的联系性和信任程度，从而提升跨区域水污染治理效率。在相应机制的完善上更要综合进行考虑，保证机制的科学合理。例如：在组织的成立早期侧重于信息的沟通和责任的明确等，而在后期则重在互相配合对水污染问题进行综合治理等。此外，在当前区域经济的发展下，许多地区的个体意识在增强，这使得跨界水污染问题变得更加难以解决，想要满足当前社会发展对环境需要的可持续发展，对跨区域环境污染进行治理就需要政府之间在具体的过程中促进协同合作的同时还要注重对社会中的一些组织进行协调。最终完善相应的污染治理机制建立相应的污染治理组织和体系，为社会的可持续发展提供进一步的保障。
