水资源污染问题不同于土地污染等流动性较差的污染问题，水资源污染往往具有较强的流动性，而跨区域水污染问题的流动性强和影响范围更是广大。在跨区域水污染问题中经常出现上流制造污染下游承受污染的现象，而又因为跨区域不同政府之间的影响，往往上游地区对污染的治理意识不强，导致水污染流入下流区域，对下流区域造成很大的环境破坏。但下游地区又认为并非自己造成的污染对污染也不加以治理，最终破坏环境，对人民的生活造成影响。造成这种现象的原因就是各区域间对跨区域水污染问题认识不透彻、不清晰或者不愿意承担相应的责任所导致。在具体的跨区域水污染治理过程中针对这种情况施行不同的解决办法，首先可以从上游地区的污染源进行控制或限制污染的排放，从而减弱污染。或者由上游地区为下游地区提供经济补偿或相应的补救措施用于水资源的污染治理。在进行整体的跨区域水污染治理时还要对整个水流域进行考虑，对水资源进行科学的开发利用，从而使得社会经济和环境可以协调发展，在具体的过程中可以对产业布局进行相应的调整，实行水资源环境容量和排污量的统一管理配置，对流域水管理制度进行加强和完善。同时，更要对水质严格进行管控根据水的质量对水进行相应的治理，如上游水可以根据自身的出水质量来对下游进行相应的合理的补偿，从而实现上下游共同进行水污染治理工作，防止相互推诿的现象发生。
