根据污染物的来源不同，可以把农村水体污染分为三种类型:即农业生产水污染、工业生产水污染及日常生活引起的水污染。
1、农业生产水污染。由于现代农业生产机械化程度的提高，原始的牛耕马拉、肩挑背扛的耕作方式和有机肥使用逐步退出了历史舞台，取而代之的是农业机械化、化学肥料和农药的使用。这些化学合成品的过量使用都是造成水污染的重要原因。
2、是工业生产水污染。由于农村经济的快速发展，传统的经济结构发生了转变，在农村一些小规模乡镇企业和私人作坊蓬勃发展，导致生产废水偷排、未经处理直排或不达标排放，造成农村的河湖水质变差，严重污染地表水。因此，这些为农村经济发展做出贡献的乡镇企业、私人作坊也成了新的农村污染源。
3、农村日常生活污水造成的污染。由于农民的环保意识薄弱，一些农村日常生活产生的污水、生活垃圾废物也成了一种新的污染源。日常生活垃圾无法集中处理随意露天丢弃堆放，不仅造成各类细菌微生物的滋生，也会因降水的淋溶冲刷造成水环境污染。