1、对农村人居生存环境的危害
农业生产中化肥、农药等的滥用，造成农村地表水体、地下水污染。农民为了提高作物产量，会盲目的使用各类化肥，更无法保证对化肥用量的科学控制，因此造成土壤中的氮磷等会通过灌溉、降水等进入地表水体和地下水系统，导致地表水体富营养化和地下水的污染。作物种植过程中为了灭草和防治农作物病虫害，会使用各类灭草剂和农药，并且大都以喷雾剂的形式喷洒于草类和农作物上，其中只有10%左右药剂附着在农作物叶表，而其余大部分农药会落入土壤中，使土壤中农药残留量及衍生物含量增加，农药在农田灌溉与降水等淋溶作用下，通过排水沟渠流失到河流，造成了农药对地表水和地下水的污染。农村的生活垃圾随意倾倒、堆放，在雨水的冲刷下使大量的渗滤液排入水体，随意倾倒、堆放垃圾会在暴雨时被直接冲入河道，从而形成更直接、危害更大的面源污染。农村畜禽养殖产生的粪便、尿液会污染地表水及地下水，造成地表水体恶臭。农村本来应有的山青水绿的田园景色，由于上述因素造成的水体污染，直接影响广大农民的人居生存环境。
2、对人体健康造成的危害
农村水体污染会严重影响农民的生活，直接危害人体健康。农村饮用水源受到污染，居民长期饮用不洁水可引起细菌性痢疾、甲型肝炎等传染性疾病。在不洁水中活动，水中病原体亦可经皮肤、黏膜侵入机体。由于农村水环境污染、水质恶化，直接饮用地表水和浅层地下水的农村居民饮水质量和卫生状况难以保障，化学性水环境污染会致人体遗传物质突变，诱发肿瘤和造成胎儿畸形，会导致个别地区癌症发病率居高不下，成为名副其实的癌症村。